ИРЭИ занимается проведением прикладных экспериментальных и фундаментальных теоретических исследований в области экономики, является базовым институтом Российской Академии Естественных Наук, с которой налажено тесное всестороннее взаимодействие. Институт сотрудничает с РАЕН в издании научного журнала «Вестник Российской академии естественных наук» (серия экономическая), включенный в перечень ведущих рецензируемых научных изданий ВАК РФ. Одновременно, ИРЭИ более десяти лет выпускает ежегодный сборник научных трудов «Проблемы теории и практики реформирования региональной экономики».

В Институте функционирует диссертационный совет по защите диссертаций на соискание ученой степени доктора и кандидата экономических наук по специальности 08.00.05 «Экономика и управление народным хозяйством (региональная экономика; экономика, организация и управление предприятиями, отраслями, комплексами: промышленность)» и аспирантура по указанным специальностям, ведущие работу по подготовке кадров высшей квалификации для регионов страны.